Năm 2019, Đồng Nai đã sắp xếp lại từ 11 đơn vị chi cục thuế trực thuộc giảm xuống còn 04 chi cục thuế khu vực và 03 chi cục thuế trực thuộc, bao gồm: Chi cục Thuế khu vực Định Quán - Tân Phú; Chi cục Thuế khu vực Long Khánh - Cẩm Mỹ; Chi cục Thuế khu vực Trảng Bom - Thống Nhất; Chi cục Thuế khu vực Long Thành - Nhơn Trạch, Chi cục thuế Biên Hòa, Chi cục thuế Vĩnh Cửu và Chi cục thuế Xuân Lộc.
Ngày 02/3/2020, Cục thuế Đồng Nai tiếp tục hợp nhất Chi cục thuế Biên Hòa và Chi cục thuế Vĩnh Cửu thành Chi cục thuế khu vực Biên Hòa - Vĩnh Cửu, trụ sở đặt tại thành phố Biên Hòa. Đồng thời, đối với hạ tầng kỹ thuật và hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin sẽ được ngành thuế nâng cấp để đáp ứng đầy đủ các yêu cầu quản lý thuế đối với Chi cục Thuế khu vực.
Như vậy sau khi hợp nhất, sáp nhập, từ 11 chi cục thuế, đến nay Đồng Nai có 05 chi cục thuế khu vực và 01 chi cục thuế trực thuộc Cục thuế Đồng Nai, bao gồm: Chi cục Thuế khu vực Định Quán - Tân Phú; Chi cục Thuế khu vực Long Khánh - Cẩm Mỹ; Chi cục Thuế khu vực Trảng Bom - Thống Nhất; Chi cục Thuế khu vực Long Thành - Nhơn Trạch, Chi cục thuế khu vực Biên Hòa - Vĩnh Cửu và Chi cục thuế Xuân Lộc.
Việc sắp xếp lại các chi cục thuế góp phần tinh gọn bộ máy, giảm đầu mối, tiếp tục cải cách thủ tục hành chính thuế, nâng cao hiệu lực hiệu quả của công tác quản lý thuế. Đồng thời, tỉnh tiếp tục đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, cải tiến quy trình nghiệp vụ để đảm bảo việc giao dịch với cơ quan thuế của người dân ở các địa phương được thuận lợi. Trường hợp có vướng mắc phát sinh trong quá trình triển khai thực hiện, người dân, doanh nghiệp có thể liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn, hỗ trợ.